"La plus limpide et moins connue des rivières" disait Alfred de Vigny.
La Juine naît dans le Loiret au lieu-dit « le Bois de la Muette », à 2km au sud d'Autruy. Elle creuse son lit dans le calcaire de la Beauce et arrose 18 communes. Elle reçoit 3 affluents d’une longueur totale de 42km : sur sa rive droite, l’Eclimont, et sur sa rive gauche la Marette de Guillerval et la rivière d’Etampes, elle-même formée de la Louette et de la Chalouette. Elle suit alors son cours jusqu'à son confluent avec l'Essonne à Vert-le-Petit. A ce lieu, son débit est de 2.400 litres/seconde en hiver et de 1.800 litres en été.
C’est ce qu’on appelle une « rivière perchée ». Le lit abandonné qui se trouve en contrebas conserve une utilité secondaire : assurer l’écoulement des eaux du fond de vallée. Il est discontinu et rejoint, de place en place, le lit principal pour y déverser son eau.
Son cours de 52km de longueur est paisible et régulier, et ne connaît ni crue ni étiage. Les nombreuses sources qui alimentent la rivière ont toutes une température constante de 12°C en toutes saisons. Les eaux sont généralement poissonneuses et la faune variée : gardons, goujons, ablettes, vandoises, brèmes, chevesnes, brochets, perches, tanches et anguilles. Les truites sont présentes dans la haute vallée et les écrevisses s'y propagent épisodiquement. La pêche y fut pratiquée dès l'âge de la préhistoire. Ses rives ont une végétation luxuriante : peupliers, aulnes, osiers et frênes, ... grâce aux terrains tourbeux.
La Juine est une rivière de nappe, alimentée à 80% par la nappe de Beauce. Son alimentation naturelle se fait par une série de sources. Entre Autruy et Saclas, de nombreuses cressicultures sont alimentées par des sources, des puits artésiens. Le débit de la Juine est très variable.
A Méréville, le débit minimum mesuré au moulin de Glaire est de 300L/s (soit 18m3/min) et le débit maximum à 2.700L/s (soit 162m3/min). Les variations de la hauteur de la nappe ont une incidence directe sur le point de naissance de la Juine : la source active peut se déplacer sur une distance de 4.5km.
La Juine est une rivière artificielle qui a été façonnée par la main de l’homme lors de l’implantation historique des moulins. La rivière a été sectionnée en biefs (parties de rivière comprises entre deux chutes d’eau). On dénombre sur son lit principal 40 biefs – bassins fermés qui déversent leur eau en continu, d’un bassin dans l’autre – et 45 biefs sur ses 4 affluents. Ces 85 biefs surplombent la rivière naturelle ou ancien lit, appelée « marette ».
